Programy komputerowe pomagają zrozumieć RNA

AKTUALNOŚCI, NAUKA, POLSKA

Bioinformatyka zajmuje się tworzeniem i zastosowaniem w praktyce algorytmów i programów komputerowych, które służą do analizy danych biologicznych, głównie dla takich cząsteczek jak DNA, RNA i białka. Takie badania, których wyniki mogą znaleźć zastosowanie m.in. w medycynie i nanotechnologii, prowadzi kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, prof. Janusz Bujnicki.

Jak tłumaczy uczony, przewidywania komputerowe są mniej pewne niż badania doświadczalne, ale są szybsze i tańsze. Dzięki nim w krótkim czasie można przeanalizować dziesiątki czy setki tysięcy cząsteczek. Bioinformatyka pozwala na analizę bardzo dużej ilości danych i pomaga w formułowaniu hipotez, które potem są testowane doświadczalnie dla wybranych, najbardziej reprezentatywnych przypadków.

Ta dziedzina wiedzy znajduje zastosowanie między innymi w medycynie i nanotechnologii. Badania prof. Bujnickiego skupiają się obecnie na odkrywaniu powiązań pomiędzy sekwencjami, strukturami i funkcjami cząsteczek kwasu rybonukleinowego – RNA. Zarówno badanie naturalnie występujących RNA, jak i projektowanie nowych cząsteczek ma duży wymiar praktyczny.

„Cząsteczki RNA pełnią kluczową rolę w odczytywaniu informacji genetycznej, w tworzeniu białek i przebiegu wszystkich procesów, które zachodzą w komórkach. Wpływając na cząsteczki RNA w komórce można np. leczyć różne choroby. Na przykład rybosom – zbudowana głównie z RNA maszyna produkująca w komórce białka – jest głównym celem działania antybiotyków. Z kolei małe cząsteczki RNA, takie jak rybozymy, aptamery i małe interferujące RNA, testuje się obecnie w próbach klinicznych jako potencjalne leki na różne choroby genetyczne, nowotwory, czy zakażenia wirusowe” – wylicza rozmówca PAP.

Badania nad RNA prowadzi wiele ośrodków i naukowców na świecie. Projekt polskiego badacza jest jednak wyjątkowy i to właśnie on otrzymał finansowanie w ramach konkursu Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych – ERC Starting Grant.

„Największą innowacją mojego projektu nagrodzonego przez ERC była propozycja, żeby do badań nad RNA wykorzystać takie metody obliczeniowe i doświadczalne, które wcześniej okazały się bardzo skuteczne w badaniu struktury białek. Teraz już wiemy, że takie +białkowe+ podejście bardzo dobrze zdaje egzamin w wielu analizach RNA” – mówi prof. Bujnicki.

Zaznacza, że w momencie, kiedy składał swój wniosek po raz pierwszy, to wcale nie było to oczywiste. Niektórzy recenzenci traktowali to wręcz jako herezję, bo RNA i białka mają odmienną budowę chemiczną i w komórce pełnią inne funkcje. Naukowiec dodaje: „No i ja sam byłem traktowany jako +białkowiec+, który wcześniej nie zajmował się RNA, więc jego pomysły odnośnie RNA są z definicji bez sensu”.

Finansowanie projektu, realizowanego w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, wynosi 1,5 mln euro. W ocenie profesora – dla indywidualnego badacza jest to bardzo duża suma pieniędzy. Fundusze przeznaczone zostaną na aparaturę badawczą, odczynniki, programy komputerowe i na wynagrodzenia. W ramach projektu prof. Bujnicki stworzył m.in. nowe miejsca pracy dla doświadczonych badaczy po doktoracie. W tym roku oprócz niego w projekcie pracować będzie 9 osób. Badacz kupił specjalistyczny sprzęt doświadczalny, ponieważ do badań makrocząsteczek biologicznych potrzebna jest bardzo precyzyjna aparatura – za jej pomocą naukowcy testują przewidywania otrzymane metodami teoretycznymi.

sxc/flaivoloka

sxc/flaivoloka

Projekt jest finansowany przez 5 lat, jego realizacja rozpoczęła się w styczniu 2011 r. Trzy najważniejsze zadania projektu to: stworzenie nowych metod do komputerowego przewidywania i projektowania struktur cząsteczek RNA i kompleksów RNA z białkami, przetestowanie praktycznej użyteczności tych metod oraz zastosowanie ich do zbadania wybranych procesów o znaczeniu medycznym lub biotechnologicznym, w których znaczącą rolę pełnią cząsteczki RNA. Podczas realizacji projektu powstaną m.in. nowe programy komputerowe, które umożliwią projektowanie cząsteczek biologicznych o niedostępnych wcześniej, a przydatnych funkcjach.

„Prowadzone w moim zespole badania już doprowadziły do uzyskania wyników o potencjalnym znaczeniu praktycznym. Miałem pomysł na technologię, która umożliwi precyzyjne wycinanie fragmentów RNA z większych cząsteczek, tak jak obecnie robi się z cząsteczkami DNA przy użyciu tzw. enzymów restrykcyjnych. Precyzyjnie przycięte cząsteczki RNA o ściśle zdefiniowanej sekwencji mogłyby posłużyć np. jako bloki budulcowe do tworzenia nowych cząsteczek lub jako małe interferujące RNA – stanowiąc potencjalne leki nowej generacji” – wyjaśnia prof. Bujnicki.

Dzięki grantowi ERC udało mu się zaprojektować i stworzyć prototypy nowych enzymów zdolnych do przecinania cząsteczek RNA w zadanym miejscu. Badacze starają się teraz dopracować precyzję stworzonych przez siebie narzędzi molekularnych i konstruować nowe tak, żeby z RNA móc uzyskiwać dowolne „wycinanki”.

Prace w kierunku komercjalizacji swoich wynalazków zespół prof. Bujnickiego prowadzi obecnie w oparciu o dodatkowy grant „Proof of Concept” przyznany przez ERC (w wysokości 150 tys. euro), jak dotąd jest to jedyny grant tego typu w Polsce. Badacze złożyli wnioski patentowe, negocjują z potencjalnymi inwestorami i firmami, które mogą być odbiorcami nowej technologii (np. w procesie tworzenia leków opartych o RNA).

„Jeżeli nasze plany się powiodą, to założymy firmę, której zadaniem będzie dalszy rozwój narzędzi do +obróbki+ RNA” – zapowiada naukowiec.

źródło: www.naukawpolsce.pap.pl

Powiązane wpisy


Drogi czytelniku, nasza strona internetowa korzysta z plików cookies
Więcej informacji na ten temat znajdziesz tutaj.

Prawa autorskie © 2010-2014 NEWSFix Magazine.
Wszelkie prawa zastrzeżone.

Powrót do góry